در سال 1381 مسئولان دانشگاه با عنایت به اهداف نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران و نیازهای علمی و فرهنگی منطقه در زمینه های آموزشی، پژوهشی و اجرایی به اساتید و محققان و کارشناسان اقدام به ایجاد رشته فقه و حقوق اسلامی نمودند که این تصمیم در سال 1384 به ثمر نشست و اولین ورودیهای این رشته در مهرماه 1384 به دانشگاه وارد شدند. دوره کارشناسی فقه و حقوق اسلامی یکی از دوره های اموزشی در نظام آموزش عالی رشته ای خاص و غیر از دوره فقه و مبانی حقوق اسلامی که از گرایش های الهیات و معارف اسلامی است، می باشد. هدف از تشکیل آن تربیت اساتید مورد نیاز دانشگاهها در رشته های الهیات و حقوق و نیز تربیت محققان و پژوهشگران موردنیاز مراکز علمی و همچنین تربیت کارشناسان مورد نیاز دستگاه قضایی کشور می باشد. در سال 1386 اقدام به دوره کارشناسی ارشد فقه و حقوق اسلامی شد که با تلاش ریاست محترم دانشگاه و معاونت محترم آموزشی در پایان سال 1386 موافقت وزارتخانه با ایجاد دوره کارشناسی ارشد اخذ گردید و انشاءا... در مهرماه 1387 اولین دوره پذیرش دانشجویان ارشدانجام خواهد شد. دوره کارشناسی و کارشناسی ارشد فقه و حقوق اسلامی رشته ای خاص بوده غیر از رشته فقه و مبانی حقوق اسلامی است که از گرایش های الهیات و معارف اسلامی است.